Giao thông vận tải thuỷ nội địa là một ngành sử dụng nước mà không tiêu hao, các hoạt động giao thông vận tải thuỷ nội địa có ảnh hưởng trực tiếp đến chất lượng nước của nguồn tài nguyên nước mặt. Quản lý nhà nước về giao thông vận tải thuỷ nội địa là các hoạt động về luật lệ, thể chế, cơ chế, chính sách, các hoạt động cụ thể trên luồng tuyến nhằm đảm bảo trật tự an toàn giao thông, đồng thời trực tiếp góp phần bảo vệ, giảm thiểu những tác động xấu từ các hoạt động giao thông vận tải cũng như của các ngành khác trên đường thuỷ nội địa đến nguồn tài nguyên nước mặt. Các hoạt động trên đường thuỷ nội địa ảnh hưởng đến nguồn nước mặt có thể kể đến như: xây dựng các công trình trên sông, nạo vét luồng lạch, khai thác cát- khai thác tài nguyên, trục vớt thanh thải vật chướng ngại dưới lòng sông, hoạt động của các phương tiện thuỷ, hoạt động công nghiệp sửa chữa đống mới phương tiện thuỷ nội địa,cơ khí hai bên sông.v.v. Các hoạt động này có thể làm ô nhiễm môi trường nước, làm thay đổi mặt cắt, biến đổi dòng chảy dẫn đến những biến đổi về lòng dẫn, tác động xấu đến nguồn nước, ảnh hưởng đến phát triển kinh tế, văn hoá, xã hội.